Dział Historii gromadzi zabytki regionalne związane z historią miasta Inowrocławia oraz regionu Kujaw Zachodnich. Wśród blisko 5000 obiektów znajdują się: archiwalia, fotografie, militaria, szkło, sztandary, karty pocztowe, pieczęcie, mapy, wyroby rzemiosła artystycznego, meble, tkaniny i inne przedmioty o wartości historycznej.
Dzieje miasta i regionu ilustrują dokumenty, wycinki prasowe, sprawozdania z działalności towarzystw i organizacji, kroniki. Fotografie i karty pocztowe dokumentują zmiany w zabudowie miasta i życiu jego mieszkańców.
Sztandary należą do pamiątek, które oprócz wartości historycznej posiadają również walory wizualne. Najstarszym w zbiorach jest sztandar Cechu Szewców z Inowrocławia z 1897 r.
Zbiór map pokazuje, jak na przestrzeni wieków, zmieniały się granice miasta i powiatu. Dwie najstarsze z 1780 r. i z 1781 r. pokazują Inowrocław jako stolicę odrębnego województwa, które obejmowało północno-zachodnią część Kujaw, w dobie Rzeczypospolitej szlacheckiej.
W zbiorach działu historii, znajduje się ponad 350 różnego rodzaju szkieł - pucharów, pucharków, szklanic i przycisków. Są wśród nich zarówno wyroby rodzime (huta INO, huta szkła IRENA), jak i pochodzące z hut śląskich i czeskich.
Zbieramy także pamiątki dotyczące Powstania Wielkopolskiego, które przyniosło wolność miastu w styczniu 1919 r. oraz te dokumentujące życie miasta i jego mieszkańców w latach okupacji niemieckiej.
Wyodrębnioną kolekcję tworzą zbiory ukazujące dzieje inowrocławskiego górnictwa solnego.
