Księgozbiór biblioteki Muzeum im. Jana Kasprowicza W Inowrocławiu liczy ponad 16 tysięcy pozycji. Dodatkowo biblioteka gromadzi także zbiory specjalne, czasopisma, plakaty, katalogi wystaw oraz dokumenty życia społecznego. Zbiory systematycznie powiększają się poprzez zakupy aukcyjne, antykwaryczne oraz nabywanie nowości wydawniczych. Biblioteka przyjmuje również dary, które stanowią sporą część obecnie pozyskiwanych pozycji.
Jednym z ważniejszych jej poddziałów jest zbiór zebranych pierwodruków i kolejnych wydań dzieł Jana Kasprowicza i Stanisława Przybyszewskiego oraz innych wybitnych twórców młodopolskich. Składa się on także z opracowań krytyczno-literackich, autorstwa historyków zarówno z okresu przełomu wieków XIX i XX, jak i współczesnych, podejmujących w swych pracach temat literatury, sztuki, kultury Młodej Polski. Wśród książek wydanych za życia Kasprowicza i Przybyszewskiego jest wiele egzemplarzy szczególnie cennych ze względu na charakterystyczne dla ówczesnej sztuki typograficznej zdobnictwo secesyjne i oprawy z epoki. Prawdziwymi "białymi krukami" są książki ocalałe z biblioteki Jana Kasprowicza, podpisane przez poetę lub zawierające dedykacje przyjaciół poety, np. Kornela Makuszyńskiego, Leopolda Staffa, Emila Zegadłowicza, ponadto książki z autografem Stanisława Przybyszewskiego.
Innym ważnym działem księgozbioru muzealnego jest dział regionalny. Zawiera książki wydane w Inowrocławiu w 2 poł. XIX w. i na pocz. XX, w okresie międzywojennym i po wojnie aż do czasów współczesnych oraz opracowania traktujące o Inowrocławiu i regionie - Kujawach w zakresie historii, etnografii, archeologii i życia kulturalnego.
Księgozbiór muzealny został znacznie powiększony przez zapis testamentowy Stanisława Szenica, pisarza rodem z Pakości, zmarłego w 1987 r. znanego bibliofila, którego książki (3360 wol.) opatrzone są ekslibrisami wykonanymi m.in. przez Adama Półtawskiego i Konstantego Marię Sopoćko.
Cenny dar przekazała w roku 2000 pani Helena Hopkinson, mieszkająca w Anglii córka prezydenta Inowrocławia w okresie międzywojennym - Apolinarego Jankowskiego (1899-1939). Dar obejmuje 116 książek z biblioteki prezydenta, każdy egzemplarz oznaczony jest pieczątką i odręczną sygnaturą.
W księgozbiorze muzealnym są też książki o tematyce ogólnej (encyklopedie, słowniki, bibliografie) oraz prace z dziedzin odpowiadających działom naukowym istniejącym w muzeum, tj. z zakresu literatury, historii Polski i powszechnej, historii sztuki, etnografii i etnologii, archeologii i numizmatyki. Stanowią one bazę naukową i źródłową dla pracowników merytorycznych.
Zbiory biblioteczne są udostępniane uczniom, studentom, pracownikom naukowym jedynie w czytelni biblioteki, biblioteka nie prowadzi wypożyczeń. Po przedłożeniu prośby, istnieje również możliwość pozyskania skanu bądź kserokopii książek.
